·史料杰斐逊落荒而逃（《杰斐逊传》美约瑟夫·j埃利斯）
另一个让杰斐逊在学术界风光不再的原因是埃里克·麦特里克1970年发表了一篇论文，评论了杜马·马隆和梅里尔·彼得森刚出版的杰斐逊的传记。
麦特里克略带冒犯地提出，对杰斐逊充满崇拜、庆贺其丰功伟绩的做法是否应该缓行。
他问道“我们是否还应该考虑到杰斐逊性格中还有些特征，无论从哪个角度看都算不上英雄行为？”
这不仅仅指他（杰斐逊）对奴隶制的公开支持。身为弗吉尼亚州州长，他在美国独立战争中未能组织民兵开展有效斗争，而是在气势汹汹的英国部队来临之前，丢弃蒙蒂塞洛骑马逃窜，这件事是否是英雄行为？
1807年的《禁运法案》（aricane）又是如何失败的？
杰斐逊坚持经济制裁会把美国从战争之中解救出来，全然不顾种种现象表明这种制裁的唯一作用就是摧毁美国经济。
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·史料杰斐逊的心结（《杰斐逊传》美约瑟夫·j埃利斯）
杰斐逊曾在1779年到1781年任弗吉尼亚州州长，第一件事就发生在这个两年的任期内。
此时，弗吉尼亚正处于战时紧急状态，经济、后勤、政治一片混乱，在这种情况下，即便是最精明能干的政客也只会心生畏惧。杰斐逊本人喜欢安静的书斋生活，让他承担州长的重任，显得太不是时候了。
纵使杰斐逊百般努力，弗吉尼亚的经济还是一片混乱，大陆军在本州的征兵人数不足。杰斐逊批准弗吉尼亚最精锐的部队远征底特律，但徒劳无功。
很快，英国军队在本尼迪克特·阿诺德的率领下从切萨皮克湾长驱直入，横扫弗吉尼亚，将首府里士满付之一炬。
更糟的是，康华里将军麾下一队骑兵部队突至夏洛茨维尔，差点在蒙蒂塞洛抓住杰斐逊。
整个弗吉尼亚都在议论杰斐逊最后一刻骑马逃跑的可耻行为，这很不公平地暗示着他胆小怯懦，玩忽职守，让整个州陷于英军的铁蹄之下。
弗吉尼亚州议会甚至通过决议，对他的行为展开调查。后来调查不了了之，最终的决议正式赦免了他的一切不当行为。
虽然战争的发展超出了所有人的控制，但杰斐逊作为领导人难辞其咎。失败的污点伴随了杰斐逊的一生，当他1796年和1800年两次竞选总统时，这些事总会再次发酵。
杰斐逊意识到自己性格敏感，不能适应危机时期人们对领导人的苛刻要求。至于这段经历对其情感上的影响，杰斐逊向朋友吐露道“这伤痛刺骨，一生难愈，只有进了坟墓方可了却。”
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史料杰斐逊的种族主义（《杰斐逊传》美约瑟夫·j埃利斯）
一直以来，杰斐逊最令人反感的一点便是他深信黑人天生低等，无法与白人和平共处。
控方的主要观点来自历史学家保罗·芬克曼（aulfkelan），当时执教于弗吉尼亚理工大学，主要的指控是针对杰斐逊的虚伪。
芬克曼指出“因为杰斐逊是《独立宣言》的作者，对他在奴隶制问题上的立场做出考评时，要考虑的不是他是否优于同时代最恶劣的势力，而是他是否领导了最优秀的那部分人。”
答案显而易见“杰斐逊考评不合格。”
芬克曼认为，杰斐逊是一个彻彻底底的种族主义者，在杰斐逊眼里，黑人与白人根本不可能相互平等地一起生活。并且，在废除奴隶交易或者限制奴隶制向南部之外地区蔓延的问题上，杰斐逊并没有表现出十分真诚的态度，他对于如何逐步实现解放奴隶的思考亦是如此。
他所钟爱的蒙蒂塞洛和他的奢靡生活，都是奴隶们辛苦劳作换来的。
芬克曼认为，给杰斐逊冠以“自由之父”的盛名是一种误导，说得严重些，甚至让人生厌。
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·史料杰斐逊的私生子（《杰斐逊传》美约瑟夫·j埃利斯）
弗吉尼亚大学退休的病理学家尤金·福斯特博士带领的一支科研团队，从一名在世的杰斐逊后代身上取得了含有杰斐逊y染色体基因的血液样本，同时也从海明斯几位后代身上取得了血液样本。
检测结果发表在久负盛名的科学杂志《自然》（nature）上，并在1998年万圣节那天向媒体公开。结果表明杰斐逊与萨莉最小的孩子埃斯顿·海明斯（estonhegs）的基因相匹配。样本的配对成功完全是出于偶然的概率不到千分之一。
这就构成了确凿的证据，表明杰斐逊跟萨莉至少生育过一个孩子，结合先前的间接证据，可知两人很可能存在长期的性关系。如果托马斯与萨莉的故事是美国历史上最长的一出肥皂剧，那么现在终于接近尾声了。
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我们都知道，杰斐逊生活在美国充满矛盾冲突的历史时期，性格复杂，难以捉摸，因为他提出了现代史上最为鼓舞人心的平等主义思想，而他家中却拥有200名奴隶。
现在我们又知道，杰斐逊曾宣称种族通婚的前景极为可怕，并将其视为难以终结奴隶制的重要原因，而自己却又与一名女奴生了好几个孩子，
在基因比对结果出来之前，人们也许会认为杰斐逊的生活充满矛盾，现在我们可以确定，他的生活充满谎言。
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我们无法确定杰斐逊与萨莉·海明斯保持关系时的情感状况，但我们有理由相信，二人的恋情由来已久，最有可能始于在巴黎的最后那两年。
他们之间也极有可能是两相情愿的，至少从某种程度上来说，任何主人与奴隶之间的不平等交往都可以看作你情我愿的。
很显然，它（这种性关系）满足了杰斐逊的生理需要，这一点他无法也不愿否认，因为在被詹姆斯·卡伦德曝光后这段关系依然维持了多年。
不过在大多数情况下仍然是秘密的，是一个不公开的秘密。在杰斐逊的私人信件中找不到有关这段感情的任何证据。
杰斐逊极善于掩藏痕迹，因此直到近两个世纪后，现代科学先进的基因检测技术才证明了他是萨莉孩子的父亲。
在杰斐逊与萨莉·海明斯保持关系的整个时期，杰斐逊的大女儿玛莎·杰斐逊·伦道夫就住在蒙蒂塞洛，跟萨莉的一大群孩子生活在一起。
就算我们极尽人类一切否认之能事，她又怎么会不知道这段关系呢？
但玛莎一直到死都坚持卡伦德的指控并非事实，捍卫了父亲的荣誉，并在说服别人的过程中实际上也在不断说服她自己。
杰斐逊本人也尽职地在《农事书》里奴隶的名单中记录了萨莉孩子们的名字，他们长大后，也一样作为奴隶对待，就像他们与杰斐逊之间毫无关系——的确，就像是生育他们和拥有他们的是不同的人。
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·谜一样的杰斐逊（《美国的故事》作者毕蓝）
如果说，华盛顿是神，那么，杰斐逊就是谜。
他的世界你真的不懂。
不仅因为这位“人民的人”过着贵族般的生活，不仅因为他的奢侈是建立在奴隶的劳动和巨额债务上，不仅因为他声称相信普通人的智慧却从来不曾真正与普通人交往过，不仅因为他作为《独立宣言》的作者却在独立战争中没有开过一枪，不仅因为他高喊着自由却在入侵的英军面前仓皇逃窜，不仅因为他反对“党争”却建立了美国第一个政党，不仅因为他崇尚和谐却支持血流成河的法国革命，不仅因为他强调州权却在上台后大大加强了联邦政府的权力，不仅因为他反对中央银行却利用它成就了自己最辉煌的政绩，不仅因为他说的和做的完全不在同一个频道，也不仅因为他的原则和行为分别属于两个世界。
这个谜更重要的表现是他对上级和朋友的背叛。
他给华盛顿当国务卿时处处与华盛顿作对；他给亚当斯当副总统时做的唯一的事就是把亚当斯赶下台。
于公，他对总统不忠；于私，他对朋友不义。
但是，他真诚地相信，华盛顿和亚当斯背叛了共和原则，把美国领上了歧途，他要拯救这个国家；他也真诚地相信，为了崇高的理想可以不择手段。他是能够带着这些信念过测谎仪的。
最奇怪的是，后世似乎更在乎他说了什么和写了什么，而不是做了什么，他的历史地位似乎完全建立在那55个闪闪发光的英文单词上（“我们认为下面这些真理是不言而喻的……”）。
你见过这么幸运的谜吗？